Jesusen Lagundiak 1880tik bere ikasleak prestatzeko erabili eta Egoitza Santuak 1932an kanonikoki eregi zuen Oñako (Burgos) Teologia Fakultatea da Deustuko Unibertsitateko gaur egungo Teologia Fakultatearen oinarri zuzena.
1966an, Jesusen Lagundiko Aita Jeneral eta bi erakundeen Kantzelariak xedatu zuen Oñako Teologia Fakultatea Deustuko Unibertsitatean integratzea eta beste eliz-jatorri batzuetako irakasleei klaustroa zabaltzea. 1967an, integrazioa egitean, Egoitza Santuak Fakultatea ikasle guztiei zabaltzeko baimena eman zuen. 1968an Artxandako eraikin funtzional eta praktiko baina urrun samar berrian eman zitzaion hasiera ikasturteari.
1980an beste urrats bat eman zen Teologia Fakultatea unibertsitateko bizitzan txertatzean. Urte horretatik aurrera, Teologia Fakultatea Deustuko campusean txertatu zen. Integrazio fisiko horren ondoren, estatutu mailakoa ere etorri zen, 1979ko apirilean aldarrikatutako Sapientia Christiana konstituzio apostolikora egokitu beharrak eraginda. Teologia Fakultatea Deustuko Unibertsitateko beste fakultate bat da, Eliz Fakultate izaerak eskatzen dizkion berezitasunak soilik kontuan izanda. Gaur egun, fisonomia ez da aldatu hainbeste zenbakietan; bai, ostera, ikasleetan, gehienak laikoak baitira, eta beste karrera batzuekiko trukean.
Teologiako liburutegia, 1981etik Filosofiako Loiola liburutegiaren ondoan egon zena, orain Deustuko Unibertsitateko liburutegi handiaren barruan dago.
Katalogo automatizatuak 80.740 monografia ditu eta Teologian espezializatutako bilduma bibliografikoa 90.000 liburukoa da. Aldizkako argitalpenen bilduman 1.348 titulu daude.
Baliabide elektronikoen artean, azpimarratzekoak dira eduki teologikoko datu baserik garrantzizkoenak.