Osasun Zientzien Fakultateko Kalitatea Kudeatzeko Sistema kalitatearen kudeaketa gauzatzeko ezartzen diren antolaketa egiturak, erantzukizun egiturak, prozesuek, jarduteko prozedurek eta baliabideek osatzen dute.
Kalitatea Kudeatzeko Sistemaren arduraduna dekanoa da, Zentroko Kalitate Batzordearen, Tituluen Kalitate Batzordeen eta Deustuko Unibertsitateko Kalitate Unitatearen laguntzarekin. Batzorde horietan ikastetxeko eta titulazioetako interes talde guztiak daude ordezkatuta.