Fakultateak dira ikasleen goitik beherako prestakuntza eta trebakuntza profesionala sustatzen duten unibertsitateko zentroak. Horrez gain, jakintza arloen ezagutzan aurrerapena eta titulazio bakoitzeko ziklo guztietan gradu akademikoak lortzeko beharrezko jarduerak ere koordinatzen dituzte.
Unibertsitatea 1886an hasi zen ikasketak eskaintzen, Zuzenbidekoak eta Filosofiakoak. Geroago, 1916an, Enpresa Zientzietakoak bildu ziren, Deustuko “La Comercial” izenekoan. XX. mendeko 60. hamarkadan hasi ziren eratzen lehenengo fakultateak eta pixkanaka moldatu dira gaur egungo egiturara heldu arte. Gaur egungo arloak hauek dira: Enpresa, Zuzenbidea, Hezkuntza eta Kirola, Teologia, Gizarte eta Giza Zientziak, Ingeniaritza eta Osasun Zientziak.
Deusto Business Schoolek, Espainiako ehun urteko negozio eskola bakarrak, gizartearekin konprometitutako enpresaburuak prestatzen ditu.
Zuzenbide Fakultatea 1886an sortu zen, eta, ordutik, ezaguna egin da irakaskuntzarako bokazioagatik eta Zuzenbidearen arloko prestakuntzagatik
Gizarte eta Giza Zientzien Fakultatea 2009an sortu zen ofizialki, 17 ikastetxe akademiko elkartu ondoren.
Deustuko Unibertsitateko Ingeniaritza Fakultateak 40 urte daramatza ingeniaritzako hainbat arlotan arrakasta duten profesionalak prestatzen
Deustuko Unibertsitateko Osasun Zientzien Fakultate berriak gizarteak osasunaren arloan jartzen dizkigun erronketan jarri nahi du arreta.
Hezkuntza eta Kirol Fakultateak prestakuntza eskaintza zabala eskaintzen du eta 30 urte baino gehiagoko ibilbide bikaina du jarduera akademikoan eta ikerketan.
Burgosko Oñako Teologia Fakultatea Egoitza Santuak 1932an aitortu zuen kanonikoki eta egungo Fakultatearen jatorri zuzena da.