Deustuko Unibertsitatea 1886an sortu zuen Jesusen Lagundiak. Sortzerakoan, bat egin zuten, batetik Euskal Herriak unibertsitate propioa izateko zituen kezka eta interes kulturalek, eta, bestetik, Jesusen Lagundiak ere Espainiako estatuko tokiren batean goi mailako ikasketak ezartzeko zuen asmoak. Bilbo aukeratu zuten, garai hartan industria hazkunde handia zuen portu eta merkataritza hiria. Bilbo milioi bat biztanle baino gehiago dituen metropoli eremu baten erdigunea da, betidanik Europara irekita egon den hiria. Gainera, Euskadiko eta Espainiako iparraldeko portu, merkataritza eta finantza gune garrantzitsua da.
1997ko azaroaz geroztik, eraldatu egin da eta ikur bihurtu den eraikina du Guggenheim Bilbao Museoa. Deustuko Unibertsitatearen egoitza nagusia itsasadarraren beste aldean dago, Guggenheim Museoaren parean. 1916an, "Deustuko Unibertsitate Komertziala" k Espainiako Zientzia Ekonomikoetako lehen graduatuak izango ziren lehen ikasleak hartu zituen, titulu hori ofizialki onartu baino 25 urte lehenago.
1963an, Gipuzkoako Unibertsitate Ikasketen eta Ikasketa Teknikoen Institutua sortu zen Donostian, lehendik zeuden hiru erakunderen integraziotik abiatuta. Ondoren, Deustuko Unibertsitateko kide izango zen institutu hori. Unibertsitatea, beraz, bi campusetan dago, Euskadiko kostaldeko bi hiriburuetan: Bilbon eta Donostian.